Согласно местническим правилам смерть иноземца на государевой службе давала возможность детям и внукам Николая Пекарского претендовать на дворянский статус. В 1652 году внук Николая - Григорий Иванович Пекарский - был поверстан в уфимские дворяне и сразу же получил поместную землю на реке Шакше под Уфой. По тем временам это было крупное имение в 90 десятин земли. Впрочем, вместо дохода поместье приносило одни убытки. Отсутствие у Пекарского крепостных крестьян вынуждало его самого заниматься полевыми работами. Через 13 лет Григорий Иванович попросил правительство выплачивать ежемесячное жалование (корм), который получал его дед. Григорий Иванович Пекарский погиб во время Башкирского восстания 1662-1664 годов. 

Еще при его жизни в дворянскую службу были записаны три его сына – Семен, Григорий и Тимофей. Второе поколение рода Пекарских отличалось резким и неуживчивым характером, в чем, по-видимому, сказывалось происхождение. В 60-70-е годы XVII века не было года, чтобы Пекарские не участвовали в судебных тяжбах с уфимскими дворянами, стрельцами, посадскими людьми и крестьянами. В 1677 году братьям Пекарским удалось отсудить у Л.Ф. Каловского спорную поместную землю на реке Юрмаш, что позволило им основать в Уфимском уезде еще одну поместную деревню. Однако, не имея родственных и соседских связей, Пекарские чаще проигрывали в судах, нежели добивались успеха. Так, в 1687 году по судебному иску А.С. Сумарокова у Семена Пекарского было отписано более половины поместной земли, доставшейся от отца. 

В 1681 году в крае началось башкирское восстание во главе с Сеитом Садииром. Тимофей Григорьевич был убит в первом же бою с восставшими на реке Ик. Его брату Семену Григорьевичу удалось не только уцелеть в многочисленных сражениях, но и отличиться. Еще до начала восстания Семен Пекарский получил очень выгодную должность управляющего (приказчика) дворцовых сел Каракулино и Пьяный бор, которые ныне находятся в Удмуртии. Дворцовый приказчик основательно подготовился к нападению башкир. Не располагая военными отрядами, он силами подопечных ему крестьян построил крепость (острожек). После этого он сумел вооружить и обучить крестьян военному делу. В конечном счете Пекарский разбил восставших, осадивших дворцовое село. Как сказано в его послужном списке: «Он же отбил на бою у башкирцев Евангелие, крест и колокола и всякую церковную утварь и побрал аманатов (заложников) и к шерти (присяге) приводил». 

Когда в 1687 году уфимские служилые люди были призваны в Крымский поход, то большая часть дворян осталась в Царицыне, мотивируя невыполнение приказа разразившейся эпидемией. Лишь пять уфимцев участвовали в боевых действиях против крымских татар, и среди них был Семен Пекарский. В 1694 году он был назначен приставом башкирской ардабазарной станицы, которая была направлена из Уфимского уезда в Москву для продажи там башкирских лошадей. 

Сын Семена Григорьевича Пекарского – Николай вступил в военную службу в самом начале правления Петра I. Как отмечает в своих воспоминаниях его правнук – академик П.П. Пекарский, прадед не горел желанием отправляться в действующую армию. Далее П.П. Пекарский приводит рассказ из семейного предания, который трудно подтвердить документально, но сам его сюжет вполне соответствует духу петровского времени. По старинным обычаям Николай Пекарский женился рано и проживал в доставшемся ему после отца поместье. Когда стали выходить строгие царские указы о явке дворян на смотры, он уклонялся от них по разным причинам и показывался в «нетех». Так официально называли неявившихся к смотру дворян. Однако местные власти, не на шутку напуганные грозными указами, изловили его и поставили в Москву. Пекарский был мужчина статный и высокого роста. Николай Семенович был особенно огорчен утратой бороды и в особую милость для себя выпросил дозволение собрать состриженные волоса. Умирая, он завещал их положить рядом с собой в гроб, так как был убежден, что ему вменится в великий грех, когда он явится на страшный суд без бороды, стало быть, человеком, исказившем в себе образ и подобие божье. 

Далее Академик П.П. Пекарский рассказывает удивительную историю о своем предке: «Не далее как 10 лет сгорел старинный большой портрет Николая Семеновича вместе с портретами Петра I и Карла XII, рисованными одним художником. В коричневом кафтане и таком же камзоле он стоит, подбоченившись на правую руку, а правая рука - на кортике, какие носили в петровские времена. Черные, зачесанные назад волосы, карие глаза с суровым взглядом и подстриженные усы, все, что делало портрет Николая Семеновича похожим на известные изображения Петра I. Сходство ли это или какое-нибудь действительное событие, только внуки этого Пекарского рассказывали, что накануне Полтавской битвы приближенные царя умоляли его не принимать личного участия в битве. Петр не хотел того и слушать, и царедворцам удалось убедить его выбрать несколько десятков таких людей, которые бы ростом, лицом и походкой походили бы на царя и составили бы на время сражения его охранительную стражу. В войске подобных отыскалось 60 человек, в том числе и Николай Семенович. В течение сражения двойники ни на шаг не отходили от царя, и к концу сражения их в живых осталось только трое. Как памятник своего участия в Полтавской битве он оставил семейству четыре очень ценных шведских пистолета, из которых два - с медными стволами, похожими по величине своей на небольшие ружья, и кортик с рукояткой из кости единорога в медной позолоченной оправе, на которой был вырезан герб Швеции». 

Прошло много лет после невольного отправления Николая Семеновича на службу, и жена его оставалась одна в своем поместье без всякой вести о том, что стало с мужем. Она уже думала, что он  сложил свою голову на войне, и считалась вдовой, как однажды в глухую зимнюю ночь в тесовые ворота раздались громкий стук, а также крики, чтобы их немедленно отворили.  В те времена разбойники часто разъезжали по 

уединенным господским усадьбам и грабили их. Людей в доме было мало и об обороне думать было нечего, а потому хозяйку вместе с дочерью закрыли в казенку 

(в подполье). Между тем в светлицу вошел грозный приезжий в сопровождении семи человек, одетых в волчьи шубы и вооруженных с головы до ног. Суровый окрик на перепуганную дворню принудил дворовых людей указать, где была спрятана барыня. Пекарская и ее дочь ни живы ни мертвы кинулись в ноги, прося о помиловании ради вдовьего сиротства. «А муж куда девался?» – возразил приезжий. Пекарская, рыдая, отвечала, что мужа убили на царской службе, что о нем давно нет ни слуха ни духа, и потому думает, что не стало его на свете и молит она об упокоении его души. «Ну, вставай, жена, – сказал Николай Семенович, который успел прослезиться при взгляде на взрослую дочь, оставленной грудным ребенком. - Или не признала меня?». Так возвратился Пекарский в наследственное имение в сопровождении семи денщиков, которых имели тогда полковники. 

Правдивость этого предания, передававшегося от поколения к поколению, отчасти может быть подтверждено документами. В крепостных книгах Уфы, которые фиксировали все имущественные сделки между жителями провинции, за 1724 год значится сделка по продаже вдовой вахмистра лейб-гвардии Семеновского полка Николая Пекарского «крепостной девки» Сергею Степановичу Власьеву. Таким образом, не только супруга Николая Пекарского, но и уфимские власти считали его погибшим. Вместе с тем в тех же книгах за 1738 год значится сделка по приобретению Николаем Пекарским поместной земли Ивана Курчеева. Впрочем, любое семейное предание не обходится без лестных для рода преувеличений. Вернувшийся с войны Николай Пекарский был не полковником, а капитаном, о чем свидетельствуют те же крепостные книги. 

У Николая Семеновича было два сына – Сергей и Николай. Первый служил в Оренбургском крае. Достигнув чина поручика, он женился, но детей у него не было. Во время восстания под предводительством Емельяна Пугачева он был зверски убит восставшими. Другой сын Николай родился в 1731 году. С 14 лет служил в Сергиевском ландмилицком полку. В 1755 году участвовал в подавлении восстания Батырши. В 1765 году Николай Николаевич был уволен от службы в чине секунд-майора и потом занимал разные должности по гражданской службе в Уфе. Ему довелось служить под начальством П.И. Рычкова. В 1769 году Николай Николаевич был организатором работ по переносу соляной пристани с мелководной реки Ашкадар в урочище Бугульчан на реке Белой. Таким образом, Пекарские имеют непосредственное отношение к истории Стерлитамака. П.П. Пекарский вспоминал, что его дед по поручению П.И. Рычкова ездил вместе с И.И. Лепехиным для осмотра знаменитой Каповой пещеры, о чем сам Лепехин в своих дневных заметках умолчал. 

Пугачевщина застала Николая Николаевича в Уфе, и он принимал деятельное участие в обороне города. Сын его Михаил впоследствии так рассказывал об этом в своих записках: «Самозванец, живя в Берде под Оренбургом, отрядил для взятия Уфы и прочих пригородов приятеля своего, яицкого казака Чику с толпой, назвав его графом Чернышевым». Как отмечено в формулярном списке Николая Николаевича, «был при осаде Уфы при приступах злодея, и при вылазке, и две пушки у неприятеля отбил». Николай Николаевич Пекарский был женат на Матрене Семеновне, дочери полковника Семена Филипповича Кублицкого. По обычаям, господствовавшим тогда в захолустье, ее не учили грамоте, т.к. считалось, что знание грамоты дворянскими дочерями способствовало тому, что они легче заводили сердечные отношения с местными волокитами. Но безграмотность не мешала Матрене Семеновне быть разумной и собранной, так что к ней обращались за советом и другие. Наш секунд-майор не был силен в математике, и всякий раз, когда приходилось составлять всякие денежные счеты по службе, он призывал свою супругу, говоря ей в то время очень нежно «сердце, возьми-ка счеты, прикинем вместе». Она не хуже всякого бухгалтера сводила к вожделенному концу все исчисления, в которых путался храбрый служака. Николай Николаевич все свои годы прожил по старинке, лучшим и единственным украшением его комнаты стали иконы. Вместо стульев и диванов вдоль стен были расставлены скамьи, покрывавшиеся в праздники коврами, в переднем углу под иконами ставили большие дубовые столы. Праздники проводились шумно, много выпивалось разных доморощенных наливок и настоек. 

Николай Николаевич, когда случалось выезжать из родового поместья Отрада (ныне это деревня Базилевка), собирался неспешно и после немалых приготовлений, даже если поездка бывала и не дальней. Обыкновенно на такой случай пекли множество съедобных принадлежностей, известных под названием подорожников. В день отъезда после молитвы и поклонений иконам старик Пекарский выходил на крыльцо, к которому подводился любимый его буланый иноходец. Барин восседал на нем, вооружившись арапником, одетый в стеганый халат с правой полой, откинутой за кушак. За иноходцами подавалась дорожная колымага, в которой усаживалась его супруга, потом тянулось несколько подвод с припасами и слугами. Около хорошо известной уфимцам Дудкиной горы семейством делался привал и начиналось восхождение на эту высокую гору, причем, буланый иноходец с барином бойко выступал впереди. 

С открытием в Уфе наместничества и наплывом новых людей, уже вкусивших вполне или отчасти европейских развлечений, Николай Семенович должен был волей-неволей уступать новым порядкам и нарушать некоторые заветные правила старины. Так он решил вывозить на танцевальные вечера вторую дочь - красавицу Машу. Наместником тогда был барон Игельстром, большой поклонник прекрасного пола. На одном балу смуглянка Пекарская привела барона в восторг, и он на другое утро поспешил послать ей роскошный букет цветов. Старики Пекарские пришли в ужас, дочь их, незамужняя девушка, получает подарок хотя и от наместника государя, но все-таки холостого мужчины – постороннего. Николай Николаевич на семейном совете положил более не водить ее на танцевальные вечера и держать взаперти. К счастью для Маши, за нее посватался помещик Воецкий.

 В 1782 году при открытии уфимского наместничества Николай Николаевич Пекарский был избран в числе семи представителей уфимского дворянства в делегацию для принесения верноподданнической признательности императрице Екатерине II. 

Н.Н. Пекарский в отличие от своих предков имел большую семью: трех сыновей, бывших на военной службе, - Михаила, Семена и Петра (отца академика). Старший сын Михаил уже в 

17 лет имел офицерский чин, едва не попал в плен к Пугачеву под Оренбургом. Им были оставлены воспоминания о Крестьянской войне, напечатанные впоследствии В.И. Далем в «Москвитянине» за 1841 г., под заглавием «Записки полковника Пекарского о бунтах яицких, что ныне уральские, казаков и о самозванце Емельяне донском казаке Пугачеве». Михаил Николаевич, по свидетельству родственников, отличался редкой честностью даже в мелочах. Однажды при пожаре в Оренбурге он подошел к губернатору Рейнсдорпу и попросил дать караул из шести солдат. «На что тебе, лапушка, такая пропасть людей? - возразил генерал. – Чин твой еще субалтерн-офицер?». Михаил Николаевич почтительно донес его превосходительству, что сейчас вытащил из охваченного огнем казначейства сундук с казенными деньгами и боится, чтобы у него не отбили его в пожарную сумятицу. «Ты давно бы сказал, - закричал губернатор, - я даю тебе целый взвод». На другой день Пекарский сдал его начальству, в нем оказалось более 40000 рублей. Михаил дослужился впоследствии до полковника и командовал в этом чине отдельными частями, на службе он не нажился и оттого, подобно своим сверстникам, в последние годы жизни провел в состоянии, близком к бедности. Еще в конце 30-х годов XIX века уфимские старожилы видели его на сером коне в дрожках, небольшого роста старика с седенькими, зачесанными назад волосами, в зеленом кафтане довольно грубого сукна с высоким белым воротником и в ботфортах с эспонтоном в руке. То был Михаил Николаевич Пекарский, не покидавший до смерти военной формы павловских времен. Он не был женат, но у него были воспитанники, которым он дал фамилию Карских. 

Второй сын Николая Семеновича - Семен Николаевич - был слабого здоровья и умер молодым.

Младший сын Петр родился 

6 декабря 1764 года и умер 10 сентября 1853 года. Вся долгая жизнь П.Н. Пекарского прошла в нашем крае. В конце XVIII века он, майор, был назначен командиром тептярского полка, впоследствии служил по выборам дворянства и был несколько трехлетий уездным, а потом и губернским предводителем дворянства в Оренбургской губернии. 

Отец будущего академика состоял дежурным штаб-офицером при правителе уфимского наместничества А.П. Пеутлинге. Он был известен Екатерине II еще по Турецкой войне 1769-1774 годов, в ходе которой Петр Пекарский получил высшую военную награду империи - орден Святого Георгия. Дружественно принятый в доме Пеутлинга Петр Николаевич в совершенстве освоил немецкий язык. 

Любимым же воспоминанием Петра Пекарского стало посещение Уфы в 1824 году императором Александром I. Пекарский был в числе дворян, назначенных принести поздравление царю с прибытием в Оренбургский край. Уфимское дворянство в память пребывания царя в их городе построило церковь Святого Александра Невского, которая была заложена в присутствии царя. Он же был избран в качестве хозяйственного руководителя строительством храма. 

Петр Николаевич был женат два раза: в первый раз на Елизавете Сергеевне Левашевой, от которой он имел одну дочь – Анну. Второй раз он женился на дочери бывшего своего начальника Александра Петровича Пеутлинга. От этого брака в живых остались дочь – Александра Петровна -  и два сына: Петр Петрович, посвятивший себя исследованию русской истории и истории русской литературы, и Николай Петрович, который последовал примеру своих предков, поступив на военную службу. 

Будущий академик Петр Петрович Пекарский родился 19 мая 1828 года в Уфе. Высшее образование получил в Казанском университете на юридическом факультете. Окончив курс в 1847 году, был определен в Оренбургское губернское правление помощником столоначальника. В марте 1862 года после кратковременной отставки его определили в Государственный архив на вакансию делопроизводителя. Уже в следующем году он был избран адъюнктом Академии наук по отделению русского языка и словесности. В 1886 году Пекарский получил звание ординарного академика. За фундаментальное исследование «Наука и литература при Петре Великом» удостоился полной Демидовской премии. Из последующих значительных работ Пекарского историографы отмечают: «Материалы для литературной и журнальной деятельности Екатерины Великой», «Дополнительные известия для биографии М.В. Ломоносова», «Жизнь и литературная переписка Рычкова», «Новые известия о Татищеве». В начале 70-х годов по просьбе уфимского городского главы Д.С. Волкова Пекарский осуществил масштабное архивное изучение вопроса относительно даты основания Уфы. Итогом этой работы стала статья «Когда и для чего основаны города Уфа и Самара?», опубликованная в 1872 году. Именно благодаря ему установлена точная дата основания Уфы. Однако в том же году Петр Петрович скончался в результате повторного инсульта.